单细胞生物学2020

空间转录组学揭示了肿瘤/微环境界面的结构

米兰达·v·亨特，鲁本·蒙卡达，约书亚·m·韦斯，柳井正，理查德·m·怀特

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.05.368753v1

CellPhoneDB v2.0:从多亚基受体-配体复合物的联合表达推断细胞-细胞间的通讯

Mirjana Efremova, Miquel Vento-Tormo, Sarah A. Teichmann, Roser Vento-Tormo

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/680926v1

一个空间分辨的人类原肠形成单细胞图谱

Richard C.V. Tyser, Elmir Mahammadov, Shota Nakanoh，Ludovic Vallier，Antonio Scialdone，Shankar斯

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.21.213512v1

多模态单单元数据的综合分析

玉汉昊，斯蒂芬妮,艾丽卡Andersen-Nissen,威廉·m·莫克三世Shiwei郑,安德鲁·巴特勒，麦迪·j·李，Aaron J. Wilk，夏洛特·达比，迈克尔·扎加尔，保罗•霍夫曼马龙Stoeckius，Efthymia Papalexi,Eleni p . MimitouJaison Jain,Avi斯利瓦斯塔瓦,蒂姆斯图尔特，拉马尔·b·弗莱明伯特兰杨,安吉拉•j•罗杰斯朱莉安娜m . McElrath凯瑟琳·a·布利什,拉斐尔Gottardo,Peter Smibert，拉胡尔Satija

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.10.12.335331v1

CapyBara：测量细胞标识和命运过渡的计算工具

文君港，誉恒富,萨曼莎·a·莫里斯

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.17.947390v2

Celloracle：通过网络推论和Silico基因扰动来解剖细胞标识

吴克群Kamimoto,克里斯蒂·m·霍夫曼萨曼莎·a·莫里斯

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.17.947416v3

CellRank用于定向单细胞命运映射

Marius lange，Volker Bergen, Michal Klein, Manu Setty, Bernhard Reuter，Mostafa Bakhti,海科Lickert,马沙尔安萨里,Janine Schniering, Herbert B. Schiller，Dana Pe怎样,Fabian J. Theis.

https://www.biorxiv.org/30.101/2020.10.19.345983v1

查询以引用与传输学习的单细胞集成

Mohammad Lotfollahi, Mohsen Naghipourfar，Malte D. Luecken，Matin Khajavi，MarenBüttner，Ziga Avsec，亚历山大•诉MisharinFabian J. Theis.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.16.205997v1

单细胞中配对转录组和蛋白质组测量的联合概率建模

亚当•Gayoso佐伊Steier,罗曼洛佩兹，杰弗里·RegierKristopher L Nazor,亚伦·斯特里特，尼尔·约瑟夫

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.08.083337v2

AutoGeneS:使用多目标优化RNA-seq反褶积的自动基因选择

Hananeh Aliee, Fabian Theis

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.21.940650v1

P2

深度学习并不擅长古典机器学习的细胞型注释

NiklasD.Köhler，marenbüttner，Fabian J. Theis.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/653907v1

P7

scMET:单细胞分辨率下DNA甲基化异质性的贝叶斯模型

Chantriolnt-Andreas Kapourani,里卡德Argelaguet,Guido Sanguinetti，Catalina A. Vallejos.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.10.196816v2

第22位

通过整合单细胞RNA测序数据和蛋白质相互作用网络进行功能模块检测

弗洛里安·克里姆，恩里克·m·托莱多，托马斯·蒙福加，张方，夏洛特M. Deane，Gesine看看

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/698647v2

P24

单细胞分子和小鼠神经痛药的蜂窝结构

陈启宇，德娜·莱什科维茨，詹娜·布莱希曼，吉尔Levkowitz

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/744466v2

第29页

线粒体活动触发细胞竞争在早期小鼠发展中的差异

Ana Lima Gabriele Lubatti Jörg Burgstaller, Di Hu, Alistair Green, Aida Di Gregorio, Tamzin Zawadzki, Barbara Pernaute, Elmir Mahammadov, Marian Dore, Juan Miguel Sanchez, Sarah Bowling, Margarida Sancho, Mohammad Karimi, David Carling, Nick Jones, Shankar Srinivas, Antonio Scialdone，Tristan A. Rodriguez.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.15.900613v1

第9 -

定量和分子差异可以区分成人骨髓和骨髓外造血干细胞和祖细胞的形态

Nicole Mende, Hugo P Bastos, Antonella Santoro, Kendig Sham, Krishnaa T. Mahbubani, Abbie Curd, Hitoshi Takizawa, Nicola K Wilson, Bertie Göttgens, Kourosh Saeb-Parsy，伊丽莎莱伦蒂

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.26.919753v2

P38

未成熟人出生后胸腺细胞的单细胞图谱解决了胸腺内谱系分化和胸腺播种前体的复杂性

Marieke Lavaert,梁启ling, Niels Vandamme, Jong-Eun Park, Juliette Roels, Monica S. Kowalczyk, Bo Li, Orr Ashenberg, Marcin Tabaka, Danielle Dionne, Timothy L. Tickle, Michal Slyper, Orit Rozenblatt-Rosen, Bart Vandekerckhove, Georges Leclercq, Aviv Regev, Pieter Van Vlierberghe, Martin Guilliams, Sarah A. Teichmann, Yvan Saeys, Tom Taghon

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.07.007237v1

P28

单细胞分辨率单一的阿尔茨海默病的分子与细胞病理

Federica Marinaro, Moritz Haneklaus, Zhechun Zhang, Alessio Strano, Lewis Evans, Louis-François Handfield, Natalie S. Ryan, Nick C. Fox, Martin Hemberg, Sharad RamanathanFrederick j .比赛中

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.14.202317v1

P15

灌注光滑的肌肉细胞，作为疾病中的第一响应细胞

马特D Worssam，乔迪兰伯特,Sebnem Oc,Annabel L Taylor，Lina Dobnikar，Joel ChappellJennifer L Harman，Nichola L Figg，Alison Finigan，Kirsty Foote，Anna K Uryga，马丁•R班纳特米哈伊尔•SpivakovHelle FJørgensen.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.10.19.345769v1

P71.

通过整合转录组学数据绘制细胞类型的空间图

Alma Andersson，JosephBergenstråhle，Michaela Asp，LudvigBergenstråhle，Aleksandra Jurek，JoséFernándezNavarro，Joakim Lundeberg

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2019.12.13.874495v1

FFPE组织全基因组空间表达谱分析

Eva Gracia Villacampa, Ludvig Larsson, Linda Kvastad，阿尔玛·安德森，约瑟夫·卡尔森，乔阿欣Lundeberg

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.24.219758v1

组织切片中基因表达异构体的空间景观

凯文•Lebrigand约瑟夫•Bergenstrahlekim thrane，Annelie Mollbrink,帕斯卡尔•BarbryRainer Waldmann，乔阿欣Lundeberg

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.08.24.252296v1

Spage2vec:空间基因表达星座的无监督检测

Gabriele Partel,卡罗莱纳州Wählby.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.12.945345v1

发育中的小鼠大脑的分子结构

Gioele La没有金伯利Siletti,亚历山德罗可•福尔兰正,丹尼尔盖尔堡，艾琳Vinsland,Christoffer Mattsson Langseth，Irina Khven，Anna Johnsson，马茨·尼尔森，彼得·Lönnerberg，斯滕兰纳尔森

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.02.184051v1

基于杂交的原位测序(HybISS):人类和小鼠脑组织的空间转录组检测

Daniel gylborg, Christoffer Mattsson Langseth, Xiaoyan Qian, Sergio Marco Salas, Markus M. Hilscher, Ed S. Lein, Mats Nilsson

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.03.931618v1

人脑器有机体揭示皮质神经元课程的加速发育作为自闭症风险基因的共同特征

Bruna paulsen，西尔维亚•贝拉斯科,阿曼达·J Kedaigle,Martina Pigoni, Giorgia Quadrato, Anthony Deo, Xian Adiconis, Ana Uzquiano, Kwanho Kim, Sean K Simmons, Kalliopi Tsafou, Alex Albanese, Rafaela Sartore, Catherine Abbate, Ashley Tucewicz, Samantha Smith, Kwanghun Chung, kasparlage，特拉维夫Regev,约书亚·莱文，保拉·阿洛塔

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.10.376509v1